重庆市食品药品检验检测研究院原名重庆市药品检验所，始建于1951年，是全国较早成立的食品药品检验机构之一，2004年被香港特区卫生署认定为可从事香港中成药注册检验的国内药品检验所，是经国家授权的中华人民共和国口岸药品检验所。先后通过重庆市质量技术监督局计量认证和中国合格评定国家认可委员会实验室认可评审。2011年增加食品检验职能，更名为重庆市食品药品检验所，2014年初，顺利完成食品检验机构职能整体划转工作。2015年5月更名为重庆市食品药品检验检测研究院。
本院的职责为：承担食品（含保健食品）、药品、化妆品、直接接触食品药品包装材料和容器的检验及洁净环境检测，承担国家授权的口岸药品检验，开展质量标准和检验方法等相关科学研究，开展食品药品等检验检测业务指导。具备的认可认证能力参数为：2518项（其中药品类362项，食品参数类1546项，食品产品类610项）。检验能力覆盖全市食品生产、生物制品与洁净环境的检验检测。
机构内设办公室、人力资源部、财务部、设备/信息管理部、离退休管理室、业务部、科研/标准研究室及质量管理部8个行政和业务管理科室以及化学药品室、中药/天然药物室、抗生素/微生物室、保化室、包装材料/药理毒理室、食品一室、食品二室等7个检验科室。在岗人员近300人，其中，国家药典委员会委员2人，高级职称人员49人，博士学历7人。
